Cette Maison vient du château de Thoire, situé à proximité de Matafelon. Des titres destinés à l’église Saint-Pierre de Nantua mentionnent l’existence de Hugues de Thoire au XIe siècle.
Selon l’historien Samuel Guichenon, la puissance des Thoire se mesure par les hautes alliances contractées : avec les Villars, Bourgogne, Savoie, La Chambre, Clermont, Rossillon, Beaujeu, Coligny, Montagu, Chalon, Genève, Harcourt, Vienne, Luys, Baux et Poitiers.
Ainsi, Agnès de Villars apporte en dot en 1187 à Étienne de Thoire (1178-1235) tous ses biens. Aux terres du Bugey (entre autres Cerdon, Montréal, Arbent, Matafelon, Beauregard, Belvoir) des Thoire s’ajoutent une grande partie de la Bresse avec les terres dombistes des Villars qui comprenaient les seigneuries d’Ambérieux-en-Dombes, du Châtelard, de Trévoux et de Villars.
La Chambre des comptes des Thoire-Villars est située à Poncin et ils font battre monnaie à Trévoux.
Le château de Montréal
De 1244 à 1248, les Thoire-Villars construisent une forteresse sur un escarpement rocheux face au lac de Nantua. Son élévation lui donne son nom : Mons Regalis (Mont Royal) devenant par la suite Montréal.
En 1402, Humbert VII de Thoire-Villars vend ses terres au comte de Savoie Amédée VIII, tout en gardant l’usufruit sur ses seigneuries du Bugey et de la Bresse.
Cette famille est le « type même de la seigneurie qui s’est élevée au rang comtal sans en avoir le titre » pour le médiéviste Bernard Demotz.